巴基斯坦于1947年8月14日与印度实行分治，成为一个独立的国家。作为原印度国土的一部 分，巴基斯坦有着悠久的历史，次大陆的许多古代文化遗址都在今天的巴基斯坦境内。
考古发掘表明，大约在40万年以前，在今拉瓦尔品第附近的索安河河谷就有人类的活动。
考古学家通过对摩亨焦达罗和哈拉帕遗址人体骨架的解剖认为，印度河流域的古代居民属达 罗毗荼人。
公元前2000年前后，生活在中亚草原的游牧民族雅利安人经开伯尔山口和博朗山口来到印度 河流域。他们征服了当地的达罗毗荼人，印度河文明逐渐衰亡。此后1000多年，次大陆的历 史进入了“吠陀时代”，雅利安人的政治中心开始向北转移，他们后来开辟的城市坦叉始罗 (塔克西拉)、布什格拉瓦(查萨塔)和富楼沙(白沙瓦)，就在今巴基斯坦的北部。
自公元前6世纪下半叶起，包括今巴基斯坦在内的印度西北部，屡遭外族的入侵。继波斯人 、希腊人之后，塞种人、安息人、贵霜人于公元前1世纪后相继进入印度西北部。贵霜国王 迦腻色迦(129—152年在位)当政时期，王朝疆域扩至克什米尔、信德、阿格拉和喜马拉雅山 以北的莎车和和田。
笈多王朝时期，印度进入封建社会，国势强盛，文化发展。
8世纪初，阿拉伯军队征服了信德沿海至木尔坦地区，在次大陆建立了第一个伊斯兰政府。 从9世纪末起，伊斯玛仪派传教士不断来到信德和木尔坦等地，在下层人民中传教，大批当 地居民改教成为穆斯林。
10世纪末，改信伊斯兰教的突厥人进一步向次大陆扩张。997年，阿富汗加兹尼王朝军队开 始入侵北印度。到11世纪初，巴基斯坦西北部第一次置于穆斯林统治之下。12世纪初，阿富 汗的古尔王朝取代了加兹尼王朝在旁遮普的统治，并向恒河、朱木拿河流域推进。1206年， 古尔王朝将领奴隶出身的库特布·艾伯克(1206—1210年在位)在德里建立了次大陆第一个穆 斯林王朝——奴隶王朝，开始了穆斯林的有效统治。此后300年间，德里历经了6个王朝，史 称德里苏丹王朝。德里苏丹王朝时期，大批乌拉玛和苏非来到次大陆，伊斯兰教在次大陆 广为传播。
1526年，蒙古人占领德里，建立了莫卧儿王朝。在莫卧儿王朝统治的300多年里，伊斯兰教 宗教哲学和文学艺术得到深入发展并取得了辉煌成就。
伴随莫卧儿王朝的瓦解，英国殖民主义者加紧了对印度的军事占领和掠夺。1757年普拉西战 役后，印度逐步沦为英国的殖民地。至1857年印度民族大起义失败后，莫卧儿王朝彻底覆灭 ，穆斯林在次大陆历时600多年的统治随之结束了。
莫卧儿王朝末期，传统派宗教学者主张通过恢复伊斯兰教的原旨教义和各项制度，挽救王朝 的危机。19世纪初，瓦利乌拉的后代和追随者在 北印度发起了圣战者运动，旨在通过对异教徒的圣战推翻殖民统治，建立伊斯兰教的理想社 会。1857年印度民族大起义失败后，殖民当局对穆斯林进行了残酷镇压，将穆斯林作为打击 的主要目标。在英国殖民当局“分而治之”的政策下，印度教徒和穆斯林之间的教派冲突日 益加剧。
19世纪中叶以后，在印度穆斯林社会中出现了伊斯兰教的改革和复兴运动。其中赛义德·阿 赫默德·汗(1817—1898)领导的阿利加尔运动，在印度伊斯兰教近现代史上产生了重大影响 。
1906年，赛义德·阿赫默德·汗的继承者们在穆斯林教育会议的基础上成立了印度穆斯林第 一个全国性的政治组织——全印穆斯林联盟。1913年后，穆斯林联盟和国大党在争取印度民 族独立的斗争中曾一度合作，1928年后合作破裂。1930年，著名穆斯林诗人和哲学家伊克巴 尔提出了在印度西北部建立单独的穆斯林国家的思想。1933年，青年法学家拉赫玛特·阿里 为这个穆斯林国家起名为“巴基斯坦”， 意为“清真之国”。
1940年初，穆罕默德·阿里·真纳(1876—1948)明确提出印度教徒和穆斯林是“两个民族” ，印度应分治为民族国家，给两个主要民族以单独的祖国。1940年3月23日，真纳领导下的穆 斯林联盟在拉合尔召开全国会议，通过了建立巴基斯坦的决议。1947年6月，英国公布“蒙 巴顿方案”，同意印巴分治。同年7月，英国议会通过了印度独立方案。同年8月14日，巴基斯坦宣布独立，成为英联邦的一个自治领，真纳任第一任总督。1956年3月23日，巴基斯坦颁布第一部宪法，改自治领为共和国，定国名为“巴基斯坦伊斯兰共和国”。
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