1941年日本占领了马来西亚和新加坡，并实施了苛刻的统治达四年之久。二次世界大战后，也就是1945年9月，马来西亚再次回到英国人手中。由于当时马来亚人民政治意识觉醒，不同种族相继成立了属于自己的政治团体，1946年马来人统一组织，简称巫统；印度人成立了马来亚印度人公会，简称国大党；1949年中国人成立了马来亚华人公会，简称马华。
1950年代初期，独立意识逐渐在这三个政党中扩张，1955年，这三个政党联合组织了国家联盟阵线，简称国阵，那年全国国民选举中，国阵就赢得了全国五十二个席位中的五十一个席位，于是英国人交出了权力。 1957年8月31日，马来亚终于从英国手中争取到独立，并成为马来西亚联邦政府，东姑阿都拉曼独立后第一任首相。1963年，婆罗州的沙巴和砂劳越也加入了马来西亚联邦政府，建立自己的国家。
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